Zegnij łańcuch pozostałości w poprzek siatki, tak aby jednostki hydrofobowe skupiły się w zakopanym rdzeniu, i wyciśnij energię do sprawdzonego minimum.
Białko modeluje się jako łańcuch reszt hydrofobowych (H) i polarnych (P) na siatce 2D. Hydrofobowi sąsiedzi, którzy siedzą obok siebie i nie są połączeni, obniżają energię. Twoim celem jest złożenie łańcucha tak, aby reszty H utworzyły zwarty rdzeń i osiągnęły optymalną energię.
Helixfold opiera się na klasycznym, hydrofobowo-polarnym modelu fałdowania białek, zamieniając poszukiwanie fałdu w zagadkę.
Łańcuch reszt hydrofobowych i polarnych na sieci, w którym niewiązane kontakty H-H obniżają energię, to model HP zwijania białek.
Oryginalnym podejściem jest bezpośrednie punktowanie energii zamiast podobieństwa do znanego kształtu.
Energia to właściwy cel, bo to ją minimalizuje natura. Efekt hydrofobowy spycha reszty niepolarne do wnętrza, a model zawierający niewiele poza tym nadal odtwarza zwarty rdzeń, jaki mają prawdziwe białka — dlatego model HP przetrwał jako narzędzie dydaktyczne i badawcze.
Helixfold opiera się na klasycznym modelu fałdowania białek z siecią hydrofobowo-polarną, co sprawia, że poszukiwanie konformacji o minimalnej energii staje się zagadką dotykową. To oryginalna, darmowa gra przeglądarkowa z trzema długościami łańcucha i trybami dziennymi oraz treningowymi.