Zakop razem pozostałości bojące się wody i obserwuj spadek energii.
Otrzymujesz łańcuch reszt, niektóre hydrofobowe (H), a niektóre nie. Złóż go na siatce, tak aby pozostałości hydrofobowe skupiły się w zakopanym rdzeniu — każda niesąsiadująca para H-H, która w końcu się styka, obniża energię struktury. Osiągnij najniższą energię, aby go rozwiązać.
Protein Fold to zagadka biochemiczna zbudowana na tym, jak białka składają się wokół hydrofobowego rdzenia, czyli na zasadzie, która nadaje białkom ich kształt.
Zwijanie łańcucha reszt hydrofobowych i polarnych tak, by hydrofobowe schowały się w rdzeniu, z punktem za każdy niesąsiedni kontakt H-H, to sieciowy model HP zwijania białek.
Oryginalnym uproszczeniem jest bezpośrednie punktowanie ukrytych kontaktów.
To drastyczne uproszczenie, które zachowuje istotną fizykę. Efekt hydrofobowy — skupianie się grup niepolarnych, bo to maksymalizuje entropię otaczającej wody — to dominująca siła nadająca białku kształt, więc model, w którym prawie nic poza tym nie ma, nadal daje rozpoznawalnie białkowe fałdy.
Protein Fold to zagadka biochemiczna zbudowana wokół modeli fałdowania białek o rdzeniu hydrofobowym. To oryginalna, darmowa gra przeglądarkowa stworzona dla PlayPendium.